По состоянию на 1 сентября 2009 г. в учреждениях УИС содержалось 880,7 тыс. человек, в том числе: в 755 исправительных колониях отбывало наказание 734,7 тыс. человек; в 225 следственных изоляторах и 164 помещениях, функционирующих в режиме следственных изоляторов при колониях содержалось - 136 тыс. человек; в 7 тюрьмах отбывало наказание 3,1 тыс. человек; в 62 воспитательных колониях для несовершеннолетних 6,8 тыс. человек. В учреждениях содержится 69,9 тыс. женщин, при женских колониях имеется 12 домов ребенка, в которых проживает 819 детей.

Медицинское обслуживание осужденных и подследственных обеспечивают 131 больница различного профиля, а также медицинские части или здравпункты в каждом учреждении, 59 лечебных исправительных учреждений для больных туберкулезом, 9 лечебных исправительных учреждений для больных наркоманией.

В состав УИС также входят: 2449 уголовно-исполнительных инспекций, в которых состоят на учете 550,4 тыс. человек, осужденных к наказаниям, не связанным с лишением свободы; 205 федеральных государственных унитарных предприятия, 498 центров трудовой адаптации осужденных, 37 лечебно-, 40 учебно-производственных мастерских. 

При исправительных и воспитательных колониях функционируют 309 вечерних общеобразовательных школ и 482 учебно-консультационных пунктов, 338 профессионально-технических училищ, действуют 510 храмов, 734 молитвенные комнаты.

Штатная численность уголовно-исполнительной системы, содержащегося за счет средств федерального бюджета составляет 328 166 единиц, из них: 265 031 должность, подлежащая замещению лицами начальствующего состава, 52 должности федеральной государственной службы и 63083 должности гражданского персонала.

Медицинское обслуживание личного состава осуществляют 47 учреждений здравоохранения, в том числе 25 центров медицинской и социальной реабилитации, 13 больниц, 6 военно-врачебных комиссий и 3 санатория.

В составе УИС действуют 8 учреждений высшего профессионального образования с 7 филиалами, в том числе Академия права и управления, 74 учебных центров и пунктов, институт повышения квалификации, научно-исследовательский институт уголовно-исполнительной системы, научно-исследовательский институт информационных и производственных технологий (с 3 филиалами).

Имеется Объединенная редакция, издающая журналы "Преступление и наказание", "Ведомости УИС", газету "Казенный дом".